小智和皮卡丘等一行伙伴在旅途中前行。某日，寶可夢(mèng)波爾凱尼恩從天而降并被迫與小智鎖在了一起。波爾凱尼恩與被人類傷害過(guò)的寶可夢(mèng)們共同生活，因此非常討厭人類，但這條神奇的鎖鏈卻讓他們無(wú)法分開(kāi)，奇妙的故事就此開(kāi)始。小智與皮卡丘又將一起開(kāi)始新的冒險(xiǎn)……另一方面，在超級(jí)機(jī)關(guān)城市阿佐特王國(guó)，大臣賈維斯得到了常年追求的終極發(fā)明——500年前誕生于阿佐特王國(guó)的人造寶可夢(mèng)瑪機(jī)雅娜。據(jù)說(shuō)在瑪機(jī)雅娜體內(nèi)，有被稱為“魂心”的未知力量，貪婪又邪惡的賈維斯企圖利用這股力量來(lái)統(tǒng)治王國(guó)。小智和波爾凱尼恩將會(huì)如何化解彼此的嫌隙？波爾凱尼恩與瑪機(jī)雅娜又有著怎樣的淵源？他們要如何共同對(duì)抗賈維斯拯救阿佐特王國(guó)？瑪機(jī)雅娜的最終命運(yùn)又將如何結(jié)局？一場(chǎng)精靈寶可夢(mèng)史上最偉大的戰(zhàn)役即將展開(kāi)！